啟脾丸不宜與抗生素類藥物、瀉下類藥物、含鞣質的中藥、酸性藥物及免疫抑制劑合用。
1、抗生素：
四環素類、氯霉素等抗生素可能破壞啟脾丸中益生菌成分的活性，影響健脾消食效果。兩類藥物需間隔2小時以上服用，避免直接相互作用導致藥效降低。
2、瀉下藥：
番瀉葉、酚酞片等瀉下藥會加速腸道排空，縮短啟脾丸在消化道的停留時間。合用可能減弱啟脾丸調理脾胃功能的作用，建議間隔4小時服用。
3、含鞣質中藥：
五倍子、地榆等含鞣質中藥易與啟脾丸中的蛋白質成分結合沉淀，影響藥物吸收。兩類藥物需避免同時煎服或沖服，間隔時間應超過3小時。
4、酸性藥物：
維生素C片、阿司匹林等酸性藥物可能改變腸道pH值，干擾啟脾丸中消化酶活性。長期合用可能引起腹脹、噯氣等消化不良癥狀。
5、免疫抑制劑：
環孢素、他克莫司等藥物與啟脾丸同服可能影響免疫調節功能。存在器官移植或自身免疫疾病患者需在醫生指導下調整用藥方案。
服用啟脾丸期間建議保持清淡飲食，適量食用山藥、小米粥等健脾食材；避免辛辣刺激食物；可配合八段錦、揉腹等溫和運動促進脾胃運化；長期用藥者需定期復查肝腎功能，出現皮疹或腹瀉應立即停藥就醫。
