擴增片段長度多態性AFLP是一種基于PCR技術的DNA指紋圖譜分析方法，通過限制性內切酶消化和選擇性擴增檢測基因組DNA多態性。該方法結合了RFLP的可靠性與PCR的高效性，適用于遺傳多樣性研究、品種鑒定和分子標記開發。
1、技術原理：AFLP通過兩種限制性內切酶如EcoRI和MseI對基因組DNA進行雙酶切，產生粘性末端片段。連接特定接頭后，使用含選擇性堿基的引物進行預擴增和選擇性擴增，最終通過電泳分離顯示多態性條帶。酶切片段大小差異反映個體間遺傳變異。
2、操作流程：實驗步驟包括DNA提取、雙酶切消化、接頭連接、預擴增、選擇性擴增和凝膠電泳分析。選擇性引物通常在3'端添加1-3個選擇性核苷酸，可調節擴增片段數量，典型引物組合如EcoRI+ACG/MseI+CAT。
3、應用領域：廣泛應用于植物遺傳圖譜構建如水稻、小麥、微生物分型如沙門氏菌、動物親緣關系分析如家畜品種鑒定。在作物育種中可檢測與抗病性、產量相關的QTL位點。
4、技術優勢：無需預先知道基因組序列，一次反應可檢測50-100個位點，多態性檢出率高于RAPD和SSR標記。重復性好，分辨率可達1個堿基差異，適合大規模群體遺傳分析。
5、局限性：實驗技術要求高，需精密控制PCR條件。顯性標記特性難以區分純合/雜合基因型，且成本高于SSR標記。放射性同位素銀染檢測存在安全隱患，近年逐漸被熒光標記替代。
日常實驗中需注意DNA質量、酶切完全性和擴增條件優化。建議使用瓊脂糖凝膠預實驗篩選合適引物組合，聚丙烯酰胺凝膠電泳可提高分辨率。實驗室應配備精密溫控設備，操作過程需戴手套防污染。
