電子腸鏡檢查過程中可能產生輕度不適，但多數患者可以耐受。檢查的不適感主要與腸道準備、操作手法、個體敏感度等因素相關。
腸道準備階段需服用瀉藥清潔腸道，部分人可能出現腹脹、惡心等反應。檢查時腸鏡通過腸道彎曲部位可能引發短暫牽拉痛，類似腹瀉前的絞痛感。注氣擴張腸腔時可能產生脹痛感，但會隨檢查結束逐漸緩解。
檢查前使用解痙藥物可減少腸道痙攣，靜脈麻醉能使患者在無意識狀態下完成檢查。對疼痛敏感者建議選擇無痛腸鏡，采用丙泊酚等麻醉藥物可實現全程無感操作。檢查后1-2小時麻醉效應消退即可恢復正常活動。
少數患者可能因腸粘連、腸腔狹窄等特殊情況加劇不適感。存在嚴重心肺疾病或麻醉禁忌者需提前告知醫生評估風險。檢查后持續腹痛或便血需及時就醫排除并發癥。
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