兒童肥胖癥建議首診兒科或內分泌科。兒童肥胖涉及生長發育異常和代謝紊亂，專業分診可提高診療效率。
兒科是處理兒童健康問題的綜合科室，能對肥胖進行基礎評估和初步篩查。醫生會測量身高體重計算BMI百分位數，排查是否存在單純性肥胖。若伴隨生長遲緩、性發育異常或血糖血脂異常，可能轉診至內分泌科進一步診治。
內分泌科專門處理激素代謝相關疾病，適合評估肥胖合并代謝綜合征的情況。常見檢查包括甲狀腺功能、胰島素抵抗檢測、皮質醇節律等，用于鑒別庫欣綜合征、甲狀腺功能減退等內分泌性肥胖。部分三甲醫院設有兒童內分泌亞專科，對青春期肥胖合并多囊卵巢綜合征等疾病更具針對性。
少數情況下需聯合其他科室。如懷疑遺傳性疾病普拉德-威利綜合征需遺傳代謝科介入；合并嚴重睡眠呼吸暫停需耳鼻喉科或呼吸科會診；骨科參與評估肥胖相關關節損傷。
就診前建議記錄孩子的飲食運動日記、生長發育曲線圖、既往體檢報告等資料。多數兒童肥胖通過生活方式干預即可改善，但需先排除病理性因素再制定個性化方案。
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