黃芪生脈飲不宜與抗凝血藥物、強心苷類藥物及降壓藥物合用。合用可能引發藥物相互作用，影響療效或增加不良反應風險。
抗凝血藥物如華法林、阿司匹林與黃芪生脈飲合用時需謹慎。黃芪具有活血化瘀作用，可能增強抗凝效果，增加出血風險。華法林通過抑制維生素K依賴性凝血因子合成發揮抗凝作用，黃芪可能干擾其代謝過程。阿司匹林通過抑制血小板聚集預防血栓形成，與黃芪聯用可能加重胃腸道黏膜損傷。
強心苷類藥物如地高辛與黃芪生脈飲存在配伍禁忌。黃芪中的活性成分可能增強地高辛的正性肌力作用，誘發心律失常等中毒反應。地高辛治療窗較窄，血藥濃度輕微波動即可導致毒性反應，與黃芪聯用需密切監測心電圖和血藥濃度。
降壓藥物如卡托普利、硝苯地平與黃芪生脈飲合用可能引起血壓過度下降。黃芪中的黃芪甲苷具有擴張血管作用，可能協同增強降壓藥效果，導致體位性低血壓。卡托普利通過抑制血管緊張素轉換酶降低外周血管阻力，硝苯地平通過阻斷鈣通道松弛血管平滑肌，與黃芪聯用需調整劑量。
含金屬離子的制劑如氫氧化鋁、硫酸亞鐵不宜與黃芪生脈飲同服。黃芪中的黃酮類成分可與金屬離子形成絡合物，影響雙方吸收利用。氫氧化鋁用于中和胃酸，硫酸亞鐵用于補鐵治療，與黃芪間隔2小時服用可減少相互作用。
免疫抑制劑如環孢素與他克莫司應避免與黃芪生脈飲聯用。黃芪多糖具有免疫增強作用，可能拮抗免疫抑制效果，影響器官移植術后抗排異治療。環孢素通過抑制T細胞活化預防排異反應，他克莫司通過阻斷鈣調磷酸酶信號通路發揮作用，與黃芪聯用需監測血藥濃度。
使用黃芪生脈飲前應詳細告知醫生正在服用的所有藥物，包括處方藥、非處方藥和中藥制劑。藥物相互作用存在個體差異，聯合用藥期間出現異常反應應及時就醫。特殊人群如老年人、肝腎功能不全者更易發生藥物相互作用，需加強用藥監護。
