藿香正氣合劑不能與頭孢類抗生素、甲硝唑、呋喃唑酮、氯霉素、格列本脲等藥物合用。藿香正氣合劑含有乙醇成分，與上述藥物聯用可能引發雙硫侖樣反應或影響藥效，需嚴格避免同時使用。
頭孢哌酮、頭孢曲松等頭孢類抗生素與藿香正氣合劑聯用可能誘發雙硫侖樣反應。乙醇在體內代謝為乙醛后，頭孢類藥物會抑制乙醛脫氫酶活性，導致乙醛蓄積，出現面部潮紅、頭痛、心悸等癥狀。嚴重時可引發呼吸困難、血壓下降等危險情況。使用頭孢類藥物期間及停藥后一周內應禁用含乙醇制劑。
甲硝唑與藿香正氣合劑合用會增強中樞神經系統抑制作用。甲硝唑本身可能引起頭暈、嗜睡等不良反應，聯合含乙醇的藿香正氣合劑會加重這些癥狀。甲硝唑同樣會干擾乙醇代謝，增加雙硫侖樣反應風險。治療陰道滴蟲病或牙周炎期間應避免同時使用。
呋喃唑酮作為抗菌藥物與藿香正氣合劑聯用可能引發嚴重高血壓反應。呋喃唑酮可抑制單胺氧化酶活性，而藿香正氣合劑中的乙醇會促進酪胺釋放，兩者協同作用可能導致血壓驟升。胃腸炎患者使用呋喃唑酮時，須停用所有含乙醇的中成藥。
氯霉素與藿香正氣合劑合用可能增強骨髓抑制作用。氯霉素本身具有抑制骨髓造血功能的副作用，乙醇會延緩其肝臟代謝，增加藥物蓄積毒性。長期聯用可能引發再生障礙性貧血等血液系統疾病。兒童、老年人等特殊人群需特別注意避免合用。
格列本脲等磺酰脲類降糖藥與藿香正氣合劑聯用可能導致嚴重低血糖。乙醇可增強格列本脲的降糖效果，同時掩蓋低血糖的警覺癥狀如心悸、手抖等，增加昏迷風險。糖尿病患者使用降糖藥期間應完全戒酒，包括含乙醇的中成藥。
使用藿香正氣合劑前應仔細閱讀藥品說明書，了解藥物成分及禁忌。服藥期間避免駕駛或操作精密儀器，防止乙醇引起的嗜睡、注意力不集中等問題。特殊人群如孕婦、肝腎功能不全者需醫生評估后使用。若出現面色潮紅、惡心嘔吐等不適，應立即停藥并就醫。日常可選用不含乙醇的藿香正氣制劑替代，服藥期間保持清淡飲食，避免辛辣刺激食物加重胃腸負擔。
