肛管結節通常需要通過肛門指檢、肛門鏡檢查和病理活檢來明確診斷。這些檢查有助于判斷結節性質，區分良惡性病變。
肛門指檢是初步篩查手段，醫生通過手指觸診可評估結節的位置、大小、質地及活動度。質地堅硬、邊界不清的結節需警惕惡性可能。
肛門鏡檢查能直觀觀察肛管黏膜及結節表面特征，必要時可進行窄帶成像或染色內鏡提高檢出率。檢查前需清潔灌腸，過程中可能伴有輕微脹痛感。
病理活檢是確診金標準，通過鉗取或穿刺獲取組織標本。活檢方式包括鉗取活檢、穿刺活檢或切除活檢，具體選擇取決于結節大小和位置。活檢后需觀察有無出血，24小時內避免劇烈活動。
影像學檢查如直腸腔內超聲或盆腔磁共振可輔助評估浸潤深度和周圍淋巴結情況。超聲檢查無輻射，能清晰顯示肛管各層結構；磁共振對軟組織分辨率高，適用于術前分期。
腫瘤標志物檢測如癌胚抗原可作為輔助參考，但特異性較低。血液檢查需結合其他檢查結果綜合判斷，單一指標異常不能確診。
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