流行性乙型腦炎多數情況下可以治愈，但部分患者可能遺留后遺癥。治愈效果與病情嚴重程度、治療時機及個體免疫力密切相關。
輕癥患者主要表現為發熱、頭痛、嘔吐等癥狀，及時接受抗病毒治療及對癥支持后，通常2-4周可痊愈。早期使用干擾素、利巴韋林等抗病毒藥物能有效抑制病毒復制。配合臥床休息、補充電解質等措施，多數患者不會遺留神經系統損傷。
重癥患者可能出現意識障礙、抽搐或癱瘓，需在重癥監護室進行脫水降顱壓、呼吸支持等治療。急性期過后，約30%患者會遺留語言障礙、運動功能障礙等后遺癥。通過6-12個月的康復訓練，包括針灸、高壓氧及肢體功能鍛煉，部分功能可逐步恢復。
預防流行性乙型腦炎的關鍵是接種疫苗和防蚊措施。發病后需保證高蛋白、高維生素飲食，如魚肉、綠葉蔬菜，避免辛辣刺激食物。恢復期可進行散步、太極拳等低強度運動，定期復查腦電圖和神經系統評估。保持環境通風干燥，蚊蟲滋生季節使用蚊帳，減少復發風險。
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