肛門閉鎖的治療方式主要有手術治療、腸道造瘺、術后護理三類。該疾病屬于先天性消化道畸形，需根據閉鎖類型及患兒全身狀況選擇干預方案。
手術治療是核心手段。低位肛門閉鎖多采用會陰肛門成形術，通過重建肛門位置恢復排便功能；高位閉鎖需經腹會陰聯合手術，必要時結合直腸尿道瘺修補。部分復雜病例需分期手術，先解決腸道梗阻再行根治術。
腸道造瘺適用于危重患兒或合并其他畸形者。橫結腸造瘺或回腸造瘺可暫時解除腸梗阻，待患兒體重達6-8公斤后再行二期手術。造瘺期間需特別注意造口周圍皮膚護理及營養支持。
術后護理貫穿治療全程。早期需保持肛門擴張防止狹窄，使用醫用擴張器每日擴肛；后期通過排便訓練建立規律反射。營養管理需提供高熱量易消化飲食，必要時補充維生素及微量元素。
少數合并脊柱畸形或心臟異常的患兒需多學科協作治療。術后需長期隨訪評估排便功能，部分患兒可能遺留便秘或失禁，可通過生物反饋訓練改善。建議在三級兒童醫院專科完成系統診療。
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