服用扎沖十三味丸需注意藥物禁忌、特殊人群慎用、不良反應監測、藥物相互作用及療程控制。該藥含有多種藏藥成分，主要用于治療風濕性關節炎、半身不遂等病癥，須嚴格遵醫囑使用。
對本品成分過敏者禁用，方中含草烏、訶子等成分，可能引發過敏反應。孕婦禁用，因部分成分可能刺激子宮收縮。嚴重肝腎功能不全者禁用，避免加重代謝負擔。心臟病患者慎用，部分成分可能影響心率。用藥前需詳細閱讀說明書并告知醫生既往病史。
哺乳期婦女應在醫生指導下權衡利弊使用，部分成分可能通過乳汁分泌。兒童需調整劑量，建議在藏醫指導下使用。老年人應減量服用，因其代謝功能減退易蓄積中毒。消化性潰瘍患者服藥期間需監測胃腸反應。糖尿病患者需注意輔料中可能含糖分。
常見不良反應包括惡心、胃部不適等消化道癥狀，可飯后服用減輕刺激。偶見皮疹、瘙癢等過敏反應，應立即停藥就醫。長期使用需定期檢查肝腎功能，防止重金屬成分蓄積。出現心悸、頭暈等心血管癥狀需及時就診。服藥期間避免駕駛或操作機械，部分成分可能引起嗜睡。
不宜與強心苷類藥物同用，可能增強心臟毒性。避免與中樞抑制劑合用，可能加重鎮靜作用。抗凝藥物合用可能增加出血風險。含金屬離子藥物可降低本品療效，需間隔2小時服用。與其他藏藥聯用需咨詢藏醫，防止成分疊加過量。
急性癥狀一般服用7-10天，慢性病療程不超過1個月。需根據癥狀變化調整劑量，避免長期固定劑量使用。停藥應逐漸減量，防止反跳現象。治療期間需配合藏醫推薦的飲食禁忌。定期復診評估療效，不建議自行延長療程。
服用扎沖十三味丸期間應保持飲食清淡，避免辛辣刺激性食物。注意關節部位保暖，配合適度功能鍛煉但避免過度勞累。監測血壓、心率等基礎指標，記錄用藥后癥狀變化。出現異常反應立即停藥并保留剩余藥品供醫生查驗。該藥為處方藥，絕對禁止自行增減劑量或與其他民族藥混用，所有用藥調整均需在專業藏醫指導下進行。
