五歲寶寶拉肚子的時候主要有兩方面的用藥，就是針對引起孩子腹瀉的原發性用藥，比如孩子拉肚子，常常可能在夏秋季節，由于吃壞肚子出現了細菌感染，可以給孩子添加抗生素。如果孩子在秋冬季節，可能因為病毒感染，比如輪狀病毒或者諾如病毒感染等，此時孩子拉肚子不太需要使用抗病毒藥，只需要對癥的止瀉治療就可以。
除了對因治療之外，就是針對孩子拉肚子本身用的藥物，可以給孩子使用胃腸黏膜保護劑，比如蒙脫石散，對于拉肚子或者大便性狀的改變，是非常有好處的，尤其對于水樣便效果是比較好的。另外也可以給孩子添加益生菌，包括鋅制劑等，都有助于孩子腹瀉的恢復。對于五歲寶寶拉肚子所吃的藥，要確認引起腹瀉的原因是什么，或者說病原是什么，然后做相應的對因治療，針對孩子腹瀉本身，進行相對的止瀉治療就可以。
