無痛腸鏡并非適合所有人群，主要有嚴重心肺功能不全、妊娠期女性、藥物過敏史、凝血功能障礙、近期急性胃腸炎發作等人群不建議進行。無痛腸鏡需在靜脈麻醉下完成，對患者基礎健康狀況有較高要求。
1、嚴重心肺功能不全
無痛腸鏡使用的麻醉藥物可能抑制呼吸循環功能。慢性阻塞性肺疾病、重度哮喘、未控制的心力衰竭或嚴重心律失常患者，麻醉過程中易出現缺氧、血壓驟降等風險。這類患者需優先選擇普通腸鏡或調整麻醉方案。
2、妊娠期女性
妊娠期尤其是孕早期應避免非必要麻醉。丙泊酚等靜脈麻醉藥物可能通過胎盤影響胎兒發育。若必須進行腸鏡檢查，建議妊娠中期后在產科醫生監護下采用最低有效劑量的麻醉方案。
3、藥物過敏史
對丙泊酚、芬太尼等麻醉藥物有過敏史者禁用。既往出現過麻醉后惡性高熱、支氣管痙攣等嚴重不良反應的患者，需提前向麻醉醫師詳細說明過敏情況，必要時進行藥物過敏測試。
4、凝血功能障礙
血友病、血小板減少癥等出血性疾病患者，腸鏡活檢或息肉切除時出血風險顯著增加。需先糾正凝血指標至安全范圍，或改用無需麻醉的影像學檢查替代。
5、急性胃腸炎發作
腹瀉、嘔吐等急性消化道癥狀期間，腸道準備效果差且麻醉后誤吸風險高。應待癥狀完全緩解1-2周后再評估檢查必要性。腸梗阻患者更需禁止麻醉避免穿孔風險。
擬行無痛腸鏡者需提前完成心電圖、血常規、凝血功能等基礎檢查，如實告知麻醉醫師用藥史與合并疾病。檢查當天須有家屬陪同，術后24小時內避免駕駛或高空作業。老年患者建議選擇上午時段檢查以便更充分術后觀察。存在禁忌癥者可考慮膠囊內鏡或CT仿真腸鏡等替代方案。
