過敏性鼻炎長期不治療可能引發鼻竇炎、哮喘、中耳炎等并發癥，嚴重時影響生活質量與呼吸道健康。過敏性鼻炎變應性鼻炎是機體接觸過敏原后由IgE介導的鼻黏膜非感染性炎癥，若持續未干預，炎癥反應可向周邊器官擴散或誘發系統性異常。
鼻竇炎是最常見的繼發損害。鼻腔黏膜長期腫脹會阻塞鼻竇開口，導致竇腔內分泌物滯留，引發細菌感染。患者可能出現頭痛、面部壓痛及黃綠色膿涕，需通過鼻內鏡或CT確診。急性鼻竇炎可選用克拉霉素、頭孢呋辛等抗生素，慢性反復發作者可能需要功能性鼻內鏡手術。
支氣管哮喘與過敏性鼻炎存在"同一氣道同一疾病"關聯。約40%未控制的過敏性鼻炎患者會發展為哮喘，因鼻部炎癥介質通過血液循環或神經反射作用于下呼吸道。典型表現為發作性喘息和胸悶，肺功能檢查顯示可變氣流受限。除規范使用布地奈德吸入劑外，需同步進行脫敏治療。
分泌性中耳炎多見于兒童患者。咽鼓管因鼻咽部淋巴組織增生而功能障礙，中耳形成負壓并積液，導致聽力下降和耳悶脹感。聲導抗測試呈B型曲線可確診，輕癥可通過咽鼓管吹張改善，頑固性病例需鼓膜置管術。
長期張口呼吸可能引發頜面部發育異常，兒童可能出現腺樣體面容上唇短厚、牙列不齊。夜間缺氧還會導致睡眠呼吸暫停綜合征，增加心血管疾病風險。部分患者因持續鼻癢、噴嚏影響工作學習效率，甚至繼發焦慮障礙。
建議確診過敏性鼻炎后盡早進行過敏原檢測，避免接觸塵螨、花粉等致敏物質。規范使用鼻用糖皮質激素如糠酸莫米松可有效控制炎癥，免疫治療適用于塵螨過敏的重度患者。出現嗅覺減退、持續耳悶或夜間憋醒等癥狀時需及時轉診耳鼻喉科。
