羥氯喹對新型冠狀病毒肺炎沒有明確的抗病毒治療作用，但有很多副作用，常見的是視網膜病變、角膜病變、心肌和骨骼肌的損傷、血液系統異常、耳毒性、皮膚和黏膜的色素沉著、肝臟損害，主要分析如下：
一、眼毒性：這是最嚴重的不良反應，可以引起視網膜病變、角膜病變，嚴重時可引起視野缺損、視力下降，因此在治療過程中，要定期進行視力、視野和眼底檢查。
二、皮膚和黏膜損害：出現皮膚瘙癢癥、脫發、皮膚和黏膜的改變、過敏感，甚至出現皮疹。
三、胃腸道的影響：主要表現為惡心、嘔吐、腹瀉。
四、中樞神經系統的影響：可以引起頭暈、眩暈、耳鳴、聽力喪失、頭痛等，還可以引起神經肌肉的損害，引起肌無力。
五、心臟毒性：可引起傳導阻滯，心臟和心室肥大。
六、血液系統的影響：這個比較明顯，可以引起白細胞減少、紅細胞減少，甚至出現貧血、再生障礙性貧血。
七、肝臟的影響：這種很明顯，患者可以出現轉氨酶的升高，甚至出現黃疸。
八、過敏反應：患者在應用羥氯喹時，還可以出現嚴重的過敏反應，出現支氣管痙攣。
羥氯喹治療冠狀病毒肺炎時有很多不良反應，而且目前的多項臨床試驗證實，羥氯喹對新型冠狀病毒肺炎沒有明確的抗病毒治療作用，因此不推薦羥氯喹用于治療新型冠狀病毒肺炎。
