杞菊地黃丸不宜與含麻黃堿類藥物、強心苷類藥物及部分降壓藥合用。杞菊地黃丸作為滋腎養肝的中成藥，其藥物相互作用主要涉及成分沖突和功效拮抗兩方面。
含麻黃堿的感冒藥如偽麻黃堿緩釋片可能抵消杞菊地黃丸的滋陰效果，并加重肝腎代謝負擔。強心苷類藥物如地高辛與杞菊地黃丸聯用可能增加心律失常風險，因其中熟地黃含強心成分。部分鈣通道阻滯劑類降壓藥如硝苯地平與杞菊地黃丸合用可能導致血壓過度下降。
阿司匹林等抗血小板藥物與杞菊地黃丸長期聯用可能增加出血傾向，因方中菊花具有輕微抗凝作用。利福平等肝酶誘導劑可能加速杞菊地黃丸有效成分代謝，降低療效。
特殊情況下如需聯合用藥，建議間隔2小時以上服用。慢性病患者使用利尿劑如氫氯噻嗪或降糖藥時，應監測電解質和血糖變化。服藥期間出現心悸、頭暈等不適需立即停藥就醫。
