九味芩香含漱液應避免與含碘制劑、堿性藥物、重金屬鹽類藥物、部分抗生素及中藥配伍禁忌藥物合用。九味芩香含漱液作為中成藥含漱劑，主要成分包括黃芩、連翹等清熱解毒類中藥，其藥物相互作用可能影響療效或增加不良反應風險。
含碘制劑如碘甘油、聚維酮碘溶液等與九味芩香含漱液合用可能產生沉淀反應。黃芩中的黃酮類成分與碘結合會降低藥物生物利用度，同時可能刺激口腔黏膜導致局部不適。使用含碘制劑后建議間隔2小時再用含漱液。
碳酸氫鈉含漱液等堿性藥物會改變九味芩香含漱液的pH值，導致黃芩苷等有效成分分解失效。兩類藥物合用可能減弱抗菌消炎作用，影響對口腔潰瘍、牙齦炎等疾病的治療效果。
汞溴紅溶液、硝酸銀溶液等重金屬鹽類藥物與含漱液中鞣質成分結合會產生不溶性復合物。這種相互作用不僅降低藥效，還可能造成口腔黏膜染色或化學性損傷，需嚴格避免同期使用。
四環素類、喹諾酮類抗生素與含漱液中的金屬離子可能形成螯合物。這種結合會影響抗生素的腸道吸收率，降低全身抗感染效果。需要系統抗感染治療時應錯開用藥時間。
根據中藥十八反原則，九味芩香含漱液不宜與含烏頭類、藜蘆的中藥制劑同用。例如附子理中丸與含漱液合用可能增強毒性反應，表現為口腔麻木或消化系統不適癥狀。
使用九味芩香含漱液期間需注意用藥間隔，與其他局部用藥至少間隔30分鐘。服藥前仔細閱讀說明書中的藥物相互作用提示，合并多種口腔疾病治療時建議咨詢醫師或藥師。保持良好的口腔衛生習慣，使用含漱液后30分鐘內避免進食飲水以維持藥效。特殊人群如孕婦、過敏體質者應在醫生指導下使用。
