有扁桃體炎一般可以做核酸檢測。扁桃體炎通常不會影響核酸檢測的準確性，但若存在嚴重咽喉腫痛或采樣困難時可能需調整采樣方式。
核酸檢測主要通過采集上呼吸道分泌物檢測病原體核酸，扁桃體炎引起的局部炎癥對采樣過程影響較小。常規咽拭子采樣時，醫護人員會用棉簽輕觸扁桃體周圍及咽后壁獲取樣本，輕度咽喉紅腫不會妨礙操作。對于配合度較好的患者，扁桃體分泌物還可能提高病毒檢出率，尤其當扁桃體炎由目標病原體直接引起時。
急性化膿性扁桃體炎伴劇烈咽痛或明顯咽喉水腫時，可能增加采樣難度。此時醫護人員會優先選擇鼻咽拭子替代口咽拭子，或建議癥狀緩解后復測。部分兒童因扁桃體肥大無法耐受咽拭子，也可改用糞便樣本進行腸道病毒核酸檢測。采樣前應主動向檢測人員說明扁桃體炎病情，避免強行采樣導致黏膜損傷。
扁桃體炎患者檢測前可用溫鹽水漱口緩解不適，但避免使用含消毒成分的漱口水以免干擾結果。采樣后應多飲水保持咽喉濕潤，合并發熱者需與檢測機構確認是否需暫緩檢測。日常需注意區分扁桃體炎癥狀與新冠感染相似表現，若出現味覺喪失等特異性癥狀應及時復測。
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