子宮內膜異位癥的典型表現包括漸進性痛經、慢性盆腔疼痛和不孕。這些癥狀與異位內膜組織在子宮外生長引起的炎癥反應和粘連密切相關。
痛經是最常見的首發癥狀，表現為月經期下腹墜痛或痙攣性疼痛，可能放射至腰骶部或大腿內側。疼痛程度通常隨月經周期加重，部分患者需依賴止痛藥物緩解。疼痛特點為繼發性，即初潮數年后才出現，與原發性痛經有明顯區別。
慢性盆腔疼痛可表現為非周期性下腹隱痛、性交痛或排便痛。疼痛程度與病灶部位相關，直腸子宮陷凹受累時可能出現排便疼痛，膀胱受累時可出現尿頻尿急。約40%患者伴隨胃腸道癥狀如腹脹、腹瀉，易被誤診為腸易激綜合征。
不孕是另一主要表現，約30%-50%患者合并不孕。異位病灶導致盆腔解剖結構改變、輸卵管功能障礙及卵泡發育異常。部分患者可能僅以不孕就診，通過腹腔鏡檢查才發現子宮內膜異位癥。
其他表現包括月經異常如經量增多、經期延長，卵巢子宮內膜異位囊腫巧克力囊腫可觸及盆腔包塊。極少數情況下可能出現咳血、尿血等特殊部位癥狀，與內膜組織異位至肺臟或泌尿系統有關。
癥狀嚴重程度與病灶范圍不一定成正比，部分廣泛病灶患者癥狀輕微，而微小病灶可能引發劇烈疼痛。建議出現進行性加重的痛經或不孕時盡早就診，腹腔鏡檢查是診斷金標準。
